Som noget sjældent i Danmark er Hundsø en naturligt brunfarvet sø, hvilket skyldes humusstoffer fra den omgivende skov. Der er ingen deciderede badefaciliteter ved søen.
Godt badevand
Hundsø har et meget lille opland, og søen er uden egentlige tilløb. Derfor modtager søen kun små mængder næringsstoffer fra omgivelserne. Trods den lille næringssalttilførsel forekommer en større vækst af planktonalger i søvandet end forventeligt.
Hundsø modtager ikke spildevand af nogen art, og derfor bør søvandets indhold af fækale bakterier være lavt. Dette bekræftes også af de analyser af badevandet, som Silkeborg Kommune udfører hvert år i badesæsonen, at den hygiejniske kvalitet er god.
Særlige hensyn
Med henblik på at bevare den gode badevandskvalitet i Hundsø og undgå alger af betydning i fremtiden, må søen ikke benyttes som toilet, badeplads for heste eller lignende. Tilførsel af selv små mængder ekstra næringssalte til søen fra fx urin kan medføre en forringelse af miljøtilstanden.
Hundsø ligger i internationalt beskyttelsesområde, som medfører en særlig forpligtelse til at bevare søens karakteristika. Slitage som følge af badning anses af Staten for at udgøre en trussel mod den særlige flora knyttet til søen. Derfor bør badegæster være særligt opmærksomme på ikke at beskadige vegetationen i og ved søen.